​DPT tarafından desteklenen 2003K120630 (90190 İTÜ) numaralı “Biyo-MEMS uygulamalarına yönelik yüzey mikroişleme ve fiziksel buhar biriktirme yöntemleriyle biyo-fonksiyonel nano-paternlerin geliştirilmesi” projesi 2005 yılında desteklenmeye başlanmış, projenin temel unsuru olan temiz-oda (clean room) 2008 yılında faaliyete geçmiştir. Bu kapsamda MEMS Ar-Ge merkezi oluşturulmuştur ve aktif olarak çalışmalar farklı proje ve alanlarda devam etmektedir. Bu şekilde üniversitemizde 1988 yılında farklı sebeplerden dolayı var olan temiz-oda’nın kapanmasından 20 yıl sonra mikroüretim yapılabilecek bir nitelikli bir laboratuvar kurulmuştur.
 
MEMS Ar-Ge merkezinin  temel amacı Mikro-ölçekte üretim tekniklerine yönelik Ar-Ge çalışmaları yapmaktır, bunun yanında yüzey mühendisliği konusunda nano-ölçekte kaplama yöntemler kullanılarak mikro-nano hibrit yaklaşımları içeren nitelikli Ar-Ge çalışmaları ve nano-odaklı projeler de merkezimizde yer almaktadır. Bu kapsamda merkezimin MEMS ismi “Nano/Micro Engineered & Manufactured Systems” olarak belirlenerek misyonuz “yenilikçi, özgün ve ölçeklenebilir mikro/nano sistemlerin geliştirilmesi” olarak belirlenmiştir.
 
Merkezimiz 100 m2 büyüklüğünde sınıf-1000 özelliğinde bir temiz alan ve altyapıyı içeren 200 m2 makina-klima alanı olmak üzere iki katlı bir mimarisi vardır. Öğrencilerin kullanımına açık 70 m2 ofis alanı ile aktif ve yaşayan bir merkezdir. Son yıllarda yapılan biyolojik/tıp odaklı çalışmaların etkin ve verimli yapılması için hücre laboratuvarı tam kapasite/kapsamlı bir şekilde 2015 yılında faaliyete geçirilmiştir. Bunların yanında gerekli simülasyon çalışmalarının yapılması için Makina Mühendisliğinde MEMS Simülasyon Labı merkezimin bünyesinde faaliyet göstermektedir.
  
Projeler ve çalışma konularında farklı bölüm ve disiplinler ile yürütülmektedir, böylece sinerji oluşturulması amaçlanmaktadır. Merkezimiz 2012 Elginkan Vakfı Teknoloji ödülü ve benzeri proje/çalışma tabanlı teknoloji ödülleri kazanmıştır 
 

Merkezimizde 35 üzerinde lisans-üstü ve 8 adet lisans-bitirme tezi tamamlanmış, ve yürüyen tezler ve çalışmalar da dikkate alındığında 150 civarında bugüne kadar üstün nitelikli Ar-Ge kapasitesine sahip insan kaynağı oluşturulmuştur. Yapılan çalışmaların fon kaynakları kamu, üniversite, özel sektör ve uluslararası olmak üzere çeşitlilik göstermektedir.